ARIES

ARIES — набор весов для предсказания сайтов реакции, обусловленных ферментом. Модель сочетает признаки атомов и связей GROVER, признаки остатков ESM-C и представление шаблона реакции; доступны варианты XS, S, M, L и XL, а также LoRA-адаптеры для специалистов.

➕ Ключевые особенности

• ➖ Пять базовых размеров: от aries-xs до aries-xl.
• ✖ Ансамбли из трёх сидов: 42, 43 и 44.
• ➕ LoRA-адаптеры для P450, гликозилтрансфераз, метилтрансфераз, десатураз жирных кислот и пренилтрансфераз.
• ▶ Отдельные модели BRENDA, Specialist и FT; FT не требует адаптера или дополнительной базы.
• 🔜 L покрывает шесть режимов разбиения BRENDA, включая holdout-триплеты.

1⃣ Пример

hf download xuan-liu/ARIES --local-dir model_weights

Веса раскладываются по каталогам aries-xs…aries-xl, specialist_hub и exp_models; metadata нужно держать рядом с весами.

Подробнее

Экспериментальная валидация: Top-1 для ARIES, Specialist и FT — 6/21, 19/21 и 16/21.
L: width 384, 12 heads, 3 слоя context/template; XL: width 512, 16 heads, 4 слоя.
LoRA: rank 16, alpha 32; FT дообучает полную XL.
Ограничение: CUDA BF16 может давать небольшие различия между повторными запусками. Лицензия MIT.