SIAM v0.3

SIAM v0.3 от MedMLX — MLX-порт модели SIAM (Segment It All Model) Valabregue et al. для сегментации тканей головы и мозга на 3D МРТ или КТ. Это nnU-Net с residual-encoder, обученный на синтетических изображениях; порт повторяет инференс оригинала на Apple Silicon через MLX и Metal.

⚙ Ключевые особенности

• 🩻 Возвращает 17 тканевых меток головы и мозга плюс метку Anomalies.
• ⚙ Работает локально на Apple Silicon через MLX и Metal.
• 🌐 Не зависит от контраста входа: T1, T2, FLAIR, CT и другие 3D-объёмы.
• 📀 Это порт released-весов SIAM v0.3 с five-fold ensemble, без переобучения и квантования.
• ⚡ Предсказание идёт при 0.75 мм изотропно и возвращается на сетку входного изображения.

🧩 Пример

Запуск через nnunet-mlx:

from nnunet_mlx.named_models import siam

result = siam(image_path="head.nii.gz", output_dir="outputs")
print(result["outputs"]["mask"])