RawMod

RawMod — набор предобученных моделей от STORMResearch для обнаружения модифицированных оснований ДНК по сырым нанопоровым сигналам. Одна модель распознаёт 5mC, 5hmC, 6mA, 4mC и 5hmU и не требует контрольного образца без модификаций. Все чекпоинты используют общую архитектуру на 230 697 параметров.

🧭 Ключевые особенности

• 🔍 Одна модель для пяти типов модификаций: 5mC, 5hmC, 6mA, 4mC и 5hmU.
• 🧭 Детекция идёт по raw nanopore signal pileups, без unmodified control.
• ⚙ Файлы — PyTorch state dictionaries для кода из GitHub-репозитория.
• 📌 rawmod.pt — релизная модель для скоринга новых данных.
• 🗂 region_holdout/ и leaveout/ — чекпоинты для бенчмарков статьи, включая leave-one-region, leave-one-organism и leave-one-library.
• ✅ В SHA256SUMS собраны контрольные суммы всех файлов.

⌨ Пример

hf download STORMResearch/RawMod --local-dir checkpoints

Подробнее

Статья RawMod ещё на рецензии; до публикации авторы просят цитировать GitHub-репозиторий.
Все чекпоинты имеют одну архитектуру на 230 697 параметров.
Для новых данных используйте rawmod.pt; остальные файлы — для воспроизведения бенчмарков статьи.
Требований к VRAM и численных значений бенчмарков в карточке нет.