Vitiligo Relation Extractor

Это модель извлечения биомедицинских отношений от проекта Vitiligo Initiative. На базе BiomedBERT (111M параметров) она классифицирует связи между уже размеченными сущностями Chemical, Disease, Gene и Variant по типам BioRED. Язык — английский, лицензия Apache-2.0.

⚙ Ключевые особенности

• ⚙ Архитектура: энкодер BiomedBERT с классификатором пар сущностей в стиле ATLOP.
• 🔗 Пассаж кодируется один раз, после чего оцениваются все пары сущностей в нём.
• 📌 Не ищет сущности сам — их нужно разметить заранее, например через PubTator 3.0.
• 📊 Ориентир — построение графа знаний с сохранением предложения-источника для проверки.
• 🛡 В Vitiligo Initiative такие связи получают меньшую уверенность, чем курируемые источники.

💻 Пример

from vitiligo.relations.train import load

model, bias, settings = load("re-cep/vitiligo-relation-extractor")

Подробнее

📊 BioRED test: Pair F1 0.687, Pair + type F1 0.540; согласие с PubTator 3.0 — 0.710 и 0.611.
⚙ Обучение: сначала silver-разметка PubTator 3.0, затем gold BioRED.
⚠ Около четверти загружаемых связей в практике ошибочны; таблицы, подписи к рисункам и списки препаратов — частый источник ошибок.
⛔ Не для клинических решений; точность на других доменах вне BioRED не тестировалась.