Nemo-Open

Nemo-Open от octopath-ai — модель для object detection на слайдах, совместимых с OpenSlide, и BGR24 CZI-мозаиках. Запуск рассчитан на Python 3.11 и NVIDIA GPU под Linux; в карточке не указаны размер, архитектура и бенчмарки.

📌 Ключевые особенности

• 📸 Поддержка .svs, .ndpi, .mrxs, .tif, .tiff и .czi в виде BGR24-мозаик.
• 🗺 Результаты: scene_0_detections.geojson с классом, confidence и bounding box, а также detections.csv.
• 🖼 Обзорное изображение scene_0_overview_conf025.jpg с детекциями при confidence ≥ 0.25.
• 🌀 Для многосценовых CZI создаются отдельные файлы scene_N_..., а detections.csv объединяет сцены с колонкой scene.
• 🔄 Прерванный запуск можно продолжить флагом --resume; выходная папка должна быть новой.
• ⚙ В config.json можно задать mpp или distance_pixels для дедупликации, если разрешение слайда вне диапазона 0.1–2 µm/pixel.

🧑‍💻 Пример

uvx --from huggingface_hub hf download octopath-ai/Nemo-Open best_ema.pth config.json run_rfdetr.py requirements.txt --local-dir model
uv pip install -r model/requirements.txt
python model/run_rfdetr.py \
  --slide "/path/to/your_slide.svs" \
  --checkpoint model/best_ema.pth

Подробнее

Нужны Python 3.11.7, PyTorch с CUDA 12.8 и NVIDIA GPU на Linux.
Бенчмарки, число параметров и требования к VRAM в карточке не приводятся.
Поддерживаемые расширения ограничены; при ошибке с размером пикселя задайте mpp или distance_pixels в config.json.
Для многосценовых CZI координаты czi_x/czi_y дают глобальные позиции.