MIST Glioma

MIST Glioma — веса для сегментации глиомы от MD Anderson Cancer Center и Rice University. Принимает необработанные T1, T2, контрастное T1 и FLAIR в DICOM или NIfTI, сам делает регистрацию, извлечение мозга и инференс. В BraTS 2025 занял третье место в задаче взрослой глиомы.

⚙ Ключевые особенности

• ⚙ End-to-end: регистрация, brain extraction и инференс без ручного препроцессинга.
• 🏆 Третье место в adult glioma task BraTS-Lighthouse 2025.
• 🩻 Сегментирует субрегионы опухоли и полость резекции — до и после операции.
• 🧩 Ансамбль из 5 фолдов: 770 959 параметров на фолд, чекпоинт около 3,1 МБ, всего около 16 МБ.
• 📐 Архитектура Pocket nnU-Net с residual-блоками и deep supervision; вход — 4 канала T1, T2, T1c, FLAIR, patch 128×128×128.

💡 Пример

python -m pip install mist-glioma
mist_glioma --t1 /path/to/t1 --t2 /path/to/t2 --tc /path/to/t1ce --fl /path/to/flair --output /path/to/output --device cuda

Подробнее

BraTS 2025 validation: Dice WT 0.9219, TC 0.7925, ET 0.7807.
Обучение: 5-fold CV на 2 875 случаях, 2× NVIDIA H100; инференс возможен на CPU, но рекомендована GPU.
Только research use: не медизделие, не для диагностики и планирования лечения; нужны все 4 последовательности, обучение — на взрослой глиоме.
Точность заметно варьируется между случаями — каждый результат нужно проверять глазами.