Пространственная транскриптомика с гистологией

Что внутри

HEST-1k — коллекция из 1 276 профилей пространственной транскриптомики, каждый связан и выровнен с изображением целого гистологического среза (пиксель < 1,15 µm/px) и метаданными. Собрана из 180 публичных и внутренних когорт: 26 органов, 2 вида (человек и мышь), 398 раковых образцов 25 типов. Обработка позволила выделить более 1,5 млн пар «экспрессия/морфология» и более 76 млн (данных). Задачи — классификация изображений, извлечение признаков, сегментация; язык английский.

Что можно сделать

• Обучить модель сопоставлять гистологию и экспрессию генов
• Проверить feature extraction на мультимодальных медданных
• Обучить сегментацию тканей на гистологических срезах

Модели, обученные на нём

• king159/SimpleP2G 0

Как загрузить

from datasets import load_dataset

ds = load_dataset("MahmoodLab/hest")